クラスタでのPHITSの走らせ方

PHITS 3.02教育版を/works2/phitsにインストールしている

ディレクトリとファイル

$HOME/moderatorにPHITSの入出力ファイルを置くとする。

$ mkdir $HOME/moderator
$ cd $HOME/moderator

$HOME/moderator/phits.in

PHITSの入力ファイルを指定するファイル。以下の形式で指定する。

file=input.txt

$HOME/moderator/input.txt

PHITSで計算させるためのパラメータやタリーを記述する。file(1)は次のようにする。

file(1) = /work2/phits

ジョブスケジューラ用スクリプト

PBSジョブスケジューラで使うためのスクリプトを$HOME/moderatorにphits.shという名前で作成す。内容は以下のようにする。

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=4

cd $HOME/moderator
mpirun -np 4 /work2/phits/bin/phits302

nodesは使用するホスト数、ppnはホスト当たりに使用するコア数を指定する。nodesとppnの積と-np の数が同じになるようにする。mpirunの前に計算を実行したいディレクトリに移動する。

スクリプトへの実行権限付与

このスクリプトに実行権限を付与する。

$ chmod 755 $HOME/moderator/phits.sh

ジョブの走らせ方

$ cd $HOME/moderator
$ qsub phits.sh

ジョブの確認

$ qstat
Job id            Name             User              Time Use S Queue
----------------  ---------------- ----------------  -------- - -----
22.qpn_nserver    phits.sh         shigyo            00:00:00 R workq
22はジョブIDを表す。ステータスを表すSのところがRになっていると実行中である。

ジョブの中断

batch.outの1行目の1文字目の数値を1から0に変更してこのファイルを保存すると、現在進行中のバッチの計算が終了した後にジョブが終了する。

ジョブの強制終了

計算結果を保存する必要がなく、すぐにジョブを停止したいときは以下のようにする。

$ qdel ジョブID

例

qdel 22